Протоссы позиционируются как древняя и мудрая раса с богатой историей, которая поддерживает мир и порядок в Галактике. Название «протоссы» произошло от слова «перворожденные», так как это была первая разумная раса в этой галактике. Протоссов в том виде, в котором они появляются в игре, создали загадочная древняя раса Ксел'Нага (англ. Xel'Naga) на планете Аиур (англ. Aiur), поставив во главу угла совершенство личности. Много тысячелетий протоссы жили в мире друг с другом и своими создателями, достигнув невиданных высот в технологии и использовании пси-способностей. Позже начался раздор между самими протоссами и Ксел’Нага. Разочаровавшись в своих творениях, Ксел’Нага начали подготовку к отлёту с Аиура. Протоссы заподозрили неладное и коварно напали на них. Ксел’Нага сумели отбиться от ослеплённых яростью протоссов и, окончательно в них разочарованные, покинули планету.
Эпоха Раздора и Кхала
За этим событием последовало множество лет непрекращающихся войн, период, вошедший в историю протоссов как Эпоха Раздора (Age of Strife). В конце Э. Р. ученый Кхас (англ. Khas) (настоящее имя - Савассан; «Кхас» в переводе с протосского означает «приносящий порядок»), исследовав свойства кристаллов Хайдарин (англ. Khaydarin), обнаружил возможность связать всех особей расы протоссов единой телепатической связью (даром Ксел’Нага, утраченным еще до начала Э. Р.), что позволило бы объединить расу и положить конец войнам. Кхас сформулировал принципы, по которым должно существовать общество протоссов, получившие название Халы (англ. Khala, «Путь Восхождения»). Согласно Хале, каждый протосс обязан избрать свой путь — судьи, храмовника или кхалая и совершенствоваться в нём всю жизнь. Именно эта система определяет кастовую структуру общества протоссов.
Тёмные храмовники
На заре становления Халы группы протоссов из воинственных племен, не желавших принимать новый уклад и боявшихся потерять свою индивидуальность, присоединившись к общей телепатической связи расы, пытались сопротивляться соратникам Кхаса, потерпели поражение и скрылись в удаленных и труднодоступных районах Аиура. Эти беглецы получили название «племен отщепенцев» (англ. Rogue Tribes). Конклав, опасаясь, что влияние этих племен может повредить идеологии Халы и, в конце концов, привести к новой Эпохе Раздора, направил на поиски отряд храмовников под предводительством храмовника Адуна. Тот сумел отыскать беглецов, но не уничтожил их, а стал проповедовать Халу, для начала поделившись секретами касты храмовников, позволявшими управлять пси-энергией. Конклаву он рапортовал об успешном исполнении приказа. Но долго скрывать существование неподконтрольных племен, так и не принявших Халу, не удалось. Их безответственные эксперименты с псионическими силами вызвали ураганы колоссальной разрушительной мощи. Конклав вмешался, и по его приказу всех отщепенцев погрузили на оставшийся от Ксел’Нага космический корабль и отправили за пределы планеты и контролируемого протоссами космического пространства. Изгнанники, назвав себя Тёмными храмовниками, в знак своей непричастности к оставленным на Аиуре сородичам, демонстративно отсекли нервные отростки, позволяющие присоединяться к общей связи. Несколько веков Тёмные кочевали по космосу, пока не наткнулись на планету с древним храмом Ксел’Нага, где и осели, принявшись за изучение бесценной реликвии. Планета была названа Шакурас.
Великая война
Руководствуясь принципами Кхаса, протоссы сумели построить огромную Империю Аиура. После нескольких катастроф, произошедших в ходе контактов с другими расами и закончившихся их полным уничтожением, протоссы приняли концепцию Ди-Ул. Они решили не вмешиваться в дела младших рас, лишь наблюдая за происходящим.
Когда первые разведчики Сверхразума попали в их руки, протоссы сразу обнаружили, что зергов сконструировали Ксел'Нага. Их целью было заражение терранов и присоединение их к Рою. Стремясь защитить империю от нового врага, Конклав решил послать в терранский сектор экспедиционный флот под командованием Вершителя Тассадара, который должен был уничтожить заражённые зергами терранские планеты со всем населением. Но Тассадар, сначала беспрекословно исполнявший приказы Конклава, начал сомневаться в необходимости уничтожать незаражённых зергами терранов. Когда он был объявлен предателем, Тассадар установил контакт с тёмными храмовниками и их прелатом Зератулом. Он научился использовать энергию не только высших, но и тёмных храмовников. Так как Сверхразум и его мыслители, командующие отдельными стаями, могли быть уничтожены только тёмными храмовниками, он объединился с ними и напал на главную базу зергов в секторе, планету Чар. Там его силы встретились с Рейдерами Рейнора и заключили с ними союз. Но несмотря на это, их силы были разгромлены заражённой Сарой Керриган, а сами они были окружены зергами.
В это же время, Сверхразум начал атаку на Аиур и достиг в этом больших успехов. Новый Вершитель, назначенный Конклавом, сумел отбросить противника. Конклав, уверившийся в том, что протоссы выигрывают войну, отправил его на Чар, чтобы арестовать «предателя» Тассадара. Вершитель перешёл на сторону «мятежника», освободил тёмных храмовников и вернулся на Аиур. После нескольких столкновений между лояльными Конклаву и Тассадару войсками, протоссы всё-таки сумели объединиться и нанести удар по Сверхразуму: Тассадар, сконцентрировавший тёмные и светлые энергии, сумел уничтожить его, пожертвовав своей жизнью.
Но даже это не спасло Айур от окончательного уничтожения. Выжившие протоссы бежали на мир Зеро. На Эсперанцу.